Odeljenje za zdravstvenu zaštitu, dobrobit i sledljivost životinja obavlja poslove koji se odnose na:
-
učestvovanje u pripremi dugoročne strategije zdravstvene zaštite životinja, programa mera zdravstvene zaštite životinja, posebnih programa zaštite zdravlja životinja od zaraznih bolesti životinja, programa sertifikacije gazdinstava slobodnih od zaraznih bolesti životinja;
-
praćenje izvršenja programa zdravstvene zaštite životinja;
-
praćenje epizootiološke situacije u Republici i svetu;
-
praćenje sprovođenja mera na sprečavanju pojavljivanja, širenja i iskorenjivanja zaraznih bolesti;
-
praćenje zaštite i dobrobiti životinja i pripremu smernica iz oblasti dobrobiti i dobrog postupanja sa životinjama;
-
propisivanje veterinarsko sanitarnih uslova u karantinu i objektima u kojima se drže, uzgajaju, i vrši promet životinja;
-
pripremu programa i praćenje realizacije obeležavanja, registracije, praćenja kretanja i sledljivosti životinja;
-
vođenje centralne baze obeleženih i evidentiranih životinja, vođenje registra objekata u kojima se drže i uzgajaju životinje;
-
upravljanje informacionim sistemom zdravstvene zaštite životinja;
-
uspostavljanje sistema sertifikacije gazdinstava slobodnih od zaraznih bolesti životinja i praćenje realizacije programa radi dobijanja statusa Republike slobodne od zaraznih bolesti životinja;
-
učestvovanje u pripremi i realizaciji projekata iz oblasti zdravstvene zaštite i dobrobiti životinja;
-
učešće u ocenjivanju efektivnosti sistema i pripremi predloga korektivnih mera veterinarsko-sanitarne kontrole, kao i razvoju procedura za uvođenje sistema upravljanjav kvalitetom zaštite zdravlja i dobrobiti životinja;
-
obavlja i druge poslove iz ove oblasti.
U Odeljenju za zdravstvenu zaštitu, dobrobit i sledljivost životinja obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:
1. Odsek za epizootiologiju;
2. Grupa za dobrobit životinja;
3. Grupa za obeležavanje i sledljivost životinja. 
