Одељење за здравствену заштиту, добробит и следљивост животиња обавља послове који се односе на:
-
учествовање у припреми дугорочне стратегије здравствене заштите животиња, програма мера здравствене заштите животиња, посебних програма заштите здравља животиња од заразних болести животиња, програма сертификације газдинстава слободних од заразних болести животиња;
-
праћење извршења програма здравствене заштите животиња;
-
праћење епизоотиолошке ситуације у Републици и свету;
-
праћење спровођења мера на спречавању појављивања, ширења и искорењивања заразних болести;
-
праћење заштите и добробити животиња и припрему смерница из области добробити и доброг поступања са животињама;
-
прописивање ветеринарско санитарних услова у карантину и објектима у којима се држе, узгајају, и врши промет животиња;
-
припрему програма и праћење реализације обележавања, регистрације, праћења кретања и следљивости животиња;
-
вођење централне базе обележених и евидентираних животиња, вођење регистра објеката у којима се држе и узгајају животиње;
-
управљање информационим системом здравствене заштите животиња;
-
успостављање система сертификације газдинстава слободних од заразних болести животиња и праћење реализације програма ради добијања статуса Републике слободне од заразних болести животиња;
-
учествовање у припреми и реализацији пројеката из области здравствене заштите и добробити животиња;
-
учешће у оцењивању ефективности система и припреми предлога корективних мера ветеринарско-санитарне контроле, као и развоју процедура за увођење система управљањав квалитетом заштите здравља и добробити животиња;
-
обавља и друге послове из ове области.
У Одељењу за здравствену заштиту, добробит и следљивост животиња образују се следеће уже унутрашње јединице:
1. Одсек за епизоотиологију;
2. Група за добробит животиња;
3. Група за обележавање и следљивост животиња. 
