Одељење за здравље животиња обавља послове који се односе на:
- учествовање у припреми дугорочне стратегије здравствене заштите животиња, програма мера здравствене заштите животиња, посебних програма заштите здравља животиња од заразних болести животиња, програма сертификације газдинстава слободних од заразних болести животиња;
- праћење извршења програма здравствене заштите животиња;
- праћење епизоотиолошке ситуације у Републици и свету;
- праћење спровођења мера на спречавању појављивања, ширења и искорењивања заразних болести;
- праћење заштите и добробити животиња и припрему смерница из области добробити и доброг поступања са животињама;
- прописивање ветеринарско санитарних услова у карантину и објектима у којима се држе, узгајају, и врши промет животиња;
- припрему програма и праћење реализације обележавања, регистрације, праћења кретања и следљивости животиња;
- вођење централне базе обележених и евидентираних животиња, вођење регистра објеката у којима се држе и узгајају животиње;
- управљање информационим системом здравствене заштите животиња;
- успостављање система сертификације газдинстава слободних од заразних болести животиња и праћење реализације програма ради добијања статуса Републике слободне од заразних болести животиња;
- учествовање у припреми и реализацији пројеката из области здравствене заштите и добробити животиња;
- учешће у оцењивању ефективности система и припреми предлога корективних мера ветеринарско-санитарне контроле, као и развоју процедура за увођење система управљањав квалитетом заштите здравља и добробити животиња;
- обавља и друге послове из ове области.
У Одељењу за здравље животиња образују се следеће уже унутрашње јединице:
1. Одсек за епизоотије,карантин и управљање ендемским болестима животиња
2. Центар за кризно планирање и управљање наричито опасним заразним болестима